В 1819 году на основе Главного педагогического института был основан Петербургский университет. Профессора и студенты перешли из одного учебного заведения в другое. Была сохранена его структура. Обучение производилось на трех факультетах: философско-юридическом, физико-математическом и историко-филологическом. Срок обучения был установлен трехгодичным. Первые студенты Петербургского университета были в основном из незнатных семей, поэтому верхи столичного общества не считали его престижным и стремились отдать своих чад в сословные учебные заведения – в благородные пансионы и в высшее училище, не говоря уж о Царскосельском лицее. Но и в структуру университета входил Благородный пансион, переведенный из того же Педагогического института. Курс обучения в нем был идентичен лицейскому курсу, одним из первых его выпускников был Михаил Глинка. Университет управлялся директором (по административно-хозяйственным вопросам) и конференцией профессоров во главе с ректором. Бурное развитие Петербургского университета началось в середине XIX века.
А ровно через 80 лет – 20 февраля 1899 года - в Петербурге начались студенческие волнения. В связи с проводимым торжественным актом ректор Сергеевич предупредил студентов, что если вечером они начнут дебоширить (такое раньше случалось), полиция наведет порядок. Студенты, подогреваемые революционными агитаторами, восприняли эти слова как покушение на их свободы, освистали ректора и буйной толпой двинулись по улице. Произошло столкновение с полицией, которая применила нагайки. Назавтра началась студенческая сходка. Студенты объявили университет закрытым и предупредили, что никого не допустят к занятиям. Беспорядки длились около месяца, перекинувшись и в другие города. Особенно буйствовали студенты Киевского университета. Интеллигенция в большинстве своем стала на сторону студентов «из принципа», хотя неясно было, в чем их «ущемляют». Царь Николай II велел учинить расследование, по результатам которого выразил порицание, как чинам полиции, проявившим чрезмерную строгость к молодежи, так и студентам, не проявляющим рвения к учебе.
